thesteps = [] step_title = {0: 'Clear all Models and flag spectral lines', 1: 'Quick clean on the brightest sources in the field to fill the model column', 2: 'PlotMS to check the model column is non zero', 3: 'Phase only gain cal on the target', 4: 'Apply Phase only gain cal to the target', 5: 'Second round of phase only calibration', 6: 'Apply 2nd Phase only gain cal to the target', 7: 'Re-image continuum again and compare', 8: 'One round of amp+phase only calibration', 9: 'Apply Amp+Phase gain cal to the target', 10: 'Re-image continuum again and compare' } if 'applyonly' not in globals(): applyonly = False try: print 'List of steps to be executed ...', mysteps thesteps = mysteps except: print 'global variable mysteps not set.' if (thesteps==[]): thesteps = range(0,len(step_title)) print 'Executing all steps: ', thesteps #=== define initial MS thevis = 'uid___A002_X7fb89e_X6e1.ms.split.cal' #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# mystep=0 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] #=== define initial MS thevis = 'uid___A002_X7fb89e_X6e1.ms.split.cal' #=== Delete all models existant in the MS delmod(vis=thevis, otf=True, field="", scr=True) #=== clear all unapplied calibration tables (there shouldn't be any if this is your first run of this script). clearcal(vis=thevis, field="", spw="", intent="", addmodel=False) #=== Split out just target and spw0 split(vis=thevis, outputvis=thevis+'.sourceSPW0', field='IRAS_16293-2422', datacolumn='data') thisvis=thevis+'.sourceSPW0' #=== Flag spectral line emission flagmanager(vis=thevis, mode='save', versionname='preSelfCal') 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81;2682;2683;2684;2685;2686;2687;2688;2689;2690;2691;2692;2693;2694;2695;2696;2697;2698;2699;2700;2701;2702;2703;2704;2705;2706;2707;2708;2709;2710;2711;2712;2713;2714;2715;2716;2717;2718;2719;2720;2721;2722;2723;2724;2725;2726;2727;2728;2729;2730;2731;2732;2733;2734;2735;2736;2737;2738;2739;2740;2741;2742;2743;2744;2745;2746;2747;2748;2749;2750;2751;2752;2753;2754;2755;2756;2757;2758;2759;2760;2761;2762;2763;2764;2765;2766;2767;2768;2769;2770;2771;2772;2773;2774;2775;2776;2777;2778;2779;2780;2781;2782;2783;2784;2785;2786;2787;2788;2789;2790;2791;2792;2793;2794;2795;2796;2797;2798;2799;2800;2801;2802;2803;2804;2805;2806;2807;2808;2809;2810;2811;2812;2813;2822;2823;2824;2825;2826;2827;2828;2829;2830;2831;2832;2833;2834;2835;2836;2837;2838;2839;2840;2841;2842;2843;2844;2845;2846;2847;2848;2849;2850;2851;2852;2853;2854;2855;2856;2857;2858;2859;2860;2861;2862;2863;2864;2865;2866;2867;2868;2869;2870;2871;2872;2873;2874;2875;2876;2877;2878;2879;2880;2881;2882;2883;2884;2885;2886;2887;2888;2889;2890;2891;2892;2893;2894;2895;2896;2897;2898;2899;2900;2901;2902;2903;2904;2905;2906;2907;2908;2909;2910;2911;2912;2913;2914;2915;2916;2917;2918;2919;2920;2921;2922;2923;2924;2925;2926;2927;2928;2929;2930;2931;2932;2933;2934;2935;2936;2937;2938;2939;2940;2941;2942;2943;2944;2945;2946;2947;2948;2949;2950;2951;2952;2953;2954;2955;2956;2957;2958;2959;2960;2961;2962;2963;2964;2965;2966;2967;2968;2969;2970;2971;2972;2973;2974;2975;2976;2977;2978;2979;2980;2981;2982;2983;2984;2985;2986;2987;2988;2989;2990;2991;2992;2993;2994;2995;2996;2997;2998;2999;3000;3001;3002;3003;3004;3005;3006;3007;3008;3009;3016;3017;3018;3019;3020;3023;3024;3025;3026;3027;3028;3029;3030;3031;3032;3033;3034;3035;3036;3037;3038;3039;3040;3041;3042;3043;3044;3045;3046;3047;3048;3049;3050;3051;3052;3053;3054;3055;3056;3057;3058;3059;3060;3061;3062;3063;3064;3065;3066;3067;3068;3069;3070;3071;3072;3073;3074;3075;3076;3077;3078;3079;3080;3081;3082;3083;3084;3085;3086;3087;3088;3089;3090;3091;3092;3093;3094;3095;3096;3097;3098;3099;3100;3101;3102;3103;3104;3105;3106;3107;3108;3109;3110;3111;3112;3113;3114;3115;3116;3117;3118;3119;3120;3121;3122;3123;3124;3125;3126;3127;3128;3129;3130;3131;3132;3133;3134;3135;3136;3137;3138;3139;3140;3141;3142;3143;3144;3145;3158;3159;3160;3161;3162;3163;3166;3167;3168;3176;3177;3178;3179;3180;3181;3182;3183;3184;3185;3186;3187;3188;3189;3190;3191;3192;3193;3194;3195;3196;3197;3198;3199;3200;3201;3202;3203;3204;3205;3206;3207;3208;3209;3210;3211;3212;3213;3214;3215;3216;3217;3218;3219;3220;3221;3222;3223;3224;3225;3226;3227;3228;3229;3230;3231;3232;3233;3234;3235;3236;3237;3238;3239;3240;3241;3242;3243;3244;3245;3246;3247;3248;3249;3250;3251;3252;3253;3254;3255;3256;3257;3258;3259;3260;3261;3262;3263;3264;3265;3266;3267;3268;3269;3270;3271;3272;3273;3274;3277;3278;3279;3280;3281;3282;3283;3284;3285;3286;3287;3288;3289;3290;3291;3292;3293;3294;3295;3296;3297;3298;3299;3300;3301;3302;3303;3304;3305;3306;3307;3308;3309;3310;3311;3312;3313;3314;3315;3316;3317;3318;3319;3320;3321;3322;3323;3324;3325;3326;3327;3328;3329;3330;3331;3332;3333;3334;3335;3336;3337;3338;3339;3340;3341;3342;3343;3344;3345;3346;3347;3348;3349;3350;3351;3352;3353;3354;3355;3356;3357;3358;3359;3360;3361;3362;3363;3364;3365;3366;3367;3368;3369;3370;3371;3372;3373;3374;3375;3376;3377;3378;3379;3380;3381;3382;3383;3384;3385;3386;3387;3388;3389;3390;3391;3392;3393;3394;3395;3396;3397;3398;3399;3400;3401;3402;3403;3404;3405;3406;3407;3408;3409;3410;3411;3412;3413;3414;3415;3416;3417;3418;3419;3420;3421;3422;3423;3424;3425;3426;3427;3428;3429;3430;3431;3432;3433;3434;3435;3436;3437;3438;3439;3440;3441;3442;3443;3444;3445;3446;3447;3448;3449;3450;3451;3452;3453;3454;3455;3456;3457;3458;3459;3460;3461;3462;3463;3464;3465;3466;3467;3468;3469;3470;3471;3472;3473;3474;3475;3476;3477;3478;3479;3480;3481;3482;3483;3484;3485;3486;3487;3488;3489;3490;3491;3492;3493;3494;3495;3496;3497;3498;3499;3500;3501;3502;3503;3504;3505;3506;3507;3508;3509;3510;3511;3512;3513;3514;3515;3516;3517;3518;3519;3520;3521;3522;3523;3524;3525;3526;3527;3528;3529;3530;3531;3532;3533;3534;3535;3536;3537;3538;3539;3540;3541;3542;3543;3544;3545;3546;3547;3548;3549;3550;3551;3552;3553;3554;3555;3556;3557;3558;3559;3560;3561;3562;3563;3564;3565;3566;3567;3568;3569;3570;3571;3572;3573;3574;3575;3576;3577;3578;3579;3580;3581;3582;3583;3584;3585;3586;3587;3588;3589;3590;3591;3592;3593;3594;3595;3596;3597;3598;3599;3600;3601;3602;3603;3604;3605;3606;3628;3629;3630;3631;3632;3633;3634;3635;3636;3637;3638;3639;3640;3641;3642;3643;3644;3645;3646;3647;3648;3649;3650;3651;3652;3653;3654;3655;3656;3657;3658;3659;3660;3661;3662;3664;3665;3666;3667;3668;3669;3670;3671;3672;3673;3674;3675;3676;3677;3678;3679;3680;3681;3682;3683;3684;3685;3686;3687;3688;3689;3690;3691;3692;3693;3694;3695;3696;3697;3698;3699;3700;3701;3702;3703;3704;3705;3706;3707;3708;3709;3710;3711;3712;3713;3714;3715;3716;3717;3718;3719;3720;3721;3722;3723;3724;3725;3726;3727;3728;3729;3730;3731;3732;3733;3734;3735;3736;3737;3738;3739;3740;3741;3742;3743;3744;3745;3746;3747;3748;3749;3750;3751;3752;3753;3754;3755;3756;3757;3758;3759;3760;3761;3762;3763;3764;3765;3766;3767;3768;3769;3770;3771;3772;3773;3774;3775;3776;3777;3778;3779;3780;3781;3782;3783;3784;3785;3786;3787;3788;3789;3790;3791;3792;3793;3794;3795;3796;3797;3798;3799;3800;3801;3802;3803;3804;3805;3806;3807;3808;3809;3810;3811;3812;3813;3814;3815;3816;3817;3818;3819;3820;3821;3822;3823;3824;3825;3826;3827;3828;3829;3830;3831;3832;3833;3834;3835;3836;3837;3838;3839' flagdata(vis=thevis, spw=LineChans, action='apply', flagbackup=False) #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Quick clean, only do one major cycle mystep = 1 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' #=== A quick continuum clean on the brightest sources in the field. os.system('rm -rf IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0*') tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 10000, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '100.0mJy',#=== We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn')#=== This is a parameter no previously set in our continuum clean. #=== This is a zero iteration clean designed as a work around for making sure the model column #=== is saved after clean. Not really need for CASA versions >5.3.0 but older than this it is required. tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 0, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '0.1mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn', calcres=False, calcpsf=False) ### S=1.06Jy/beam N=1.3e-2Jy/beam SNR=81.5 one major cycle #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Plot the amp v time of the model column to make sure something has #=== been saved in the during clean mystep=2 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' plotms(vis=thevis, xaxis='time', yaxis='amp',field='IRAS_16293-2422',iteraxis='field', spw='0', avgchannel='4000',coloraxis='field', ydatacolumn='model',xselfscale=True,yselfscale=True) #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Phase only gain cal on the target mystep=3 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' os.system('rm -rf cont_pcal1') gaincal(vis=thevis,caltable='cont_pcal1',gaintype='T', refant='DA59',calmode='p',combine='',spw='0',field='IRAS_16293-2422', solint='30s',minsnr=3.0,minblperant=3) #=== Plot cal to check solutions plotcal(caltable='cont_pcal1',xaxis='time',yaxis='phase', spw='0',iteration='antenna',subplot=511,plotrange=[0,0,-180,180], antenna='',timerange='') #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Apply Phase only gain cal to the target mystep=4 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' #=== Save version to flagversion before applying cal table flagmanager(vis=thevis,mode='save',versionname='AppSelfCal') applycal(vis=thevis,spwmap=[],spw='0',field='IRAS_16293-2422', gaintable=['cont_pcal1'],calwt=False,flagbackup=False) #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Re-image continuum and compare mystep=4 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' os.system('rm -rf IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p1*') tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p1', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 10000, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '5.0mJy', interactive = True, savemodel='modelcolumn') #=== Repeat of the "make sure the model column saves" work around. tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p1', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 0, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '0.1mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn', calcres=False, calcpsf=False) ### S=1.102Jy/beam N=4.5-3Jy/beam SNR=244.9 two major cycles #=====================================================================# #=====================================================================# #========== ROUND 2 =============# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Second round of phase only calibration mystep=5 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' gaincal(vis=thevis,caltable='cont_pcal2',gaintype='T', refant='DA59',calmode='p',combine='',spw='0',field='IRAS_16293-2422', solint='30s',minsnr=3.0,minblperant=3) plotcal(caltable='cont_pcal2',xaxis='time',yaxis='phase', spw='0',iteration='antenna',subplot=511,plotrange=[0,0,-80,80], antenna='',timerange='') #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Apply 2nd Phase only gain cal to the target mystep=6 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' flagmanager(vis=thevis,mode='save',versionname='AppSelfCal2') applycal(vis=thevis,spwmap=[],spw='0',field='IRAS_16293-2422', gaintable=['cont_pcal2'],calwt=False,flagbackup=False) #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Re-image continuum again and compare mystep=7 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' os.system('rm -rf IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p2*') tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p2', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 10000, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '5.0mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn') tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_p2', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 0, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '0.1mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn', calcres=False, calcpsf=False) ### S=1.103Jy/beam N=2.7-3Jy/beam SNR=408.51 two major cycles #=====================================================================# #=====================================================================# #========== ROUND 3 =============# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== One round of amp+phase only calibration mystep=8 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' os.system('rm -rf cont_apcal') gaincal(vis=thevis,caltable='cont_apcal',gaintype='T', refant='DA59',calmode='ap',combine='scan,field',spw='',field='', solint='30s',minsnr=3.0,minblperant=4,gaintable='cont_pcal2') plotcal(caltable='cont_apcal',xaxis='time',yaxis='amp', spw='0',iteration='antenna',subplot=511,plotrange=[0,0,0,0], antenna='',timerange='') #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Apply Amp+Phase gain cal to the target mystep=9 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' flagmanager(vis=thevis,mode='save',versionname='AppSelfCalAP') applycal(vis=thevis,spwmap=[],spw='0',field='IRAS_16293-2422', gaintable=['cont_pcal2'],calwt=False,flagbackup=False) #=====================================================================# #=====================================================================# #=====================================================================# #=== Re-image continuum again and compare mystep=10 if(mystep in thesteps): casalog.post('Step '+str(mystep)+' '+step_title[mystep],'INFO') print 'Step ', mystep, step_title[mystep] thisvis=thevis+'.sourceSPW0' tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_ap', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 10000, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '0.1mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn') tclean(vis = thevis, imagename = 'IRAS_16293-2422_quickCleanForSelfCal_spw0_ap', field = 'IRAS_16293-2422', stokes = 'I', spw = '0', outframe= 'LSRK', specmode = 'mfs', nterms = 1, imsize = [280, 280], cell = '0.15arcsec', deconvolver = 'hogbom', niter = 0, weighting = 'briggs', robust = 0.5, mask = '', gridder = 'standard', pbcor = True, threshold = '0.1mJy', #- We have set this high as we are only doing a quick clean on the brightest sources interactive = True, savemodel='modelcolumn', calcres=False, calcpsf=False) #== S=1.105 N=2.4e-3 SNR=480.4 #=== Unflag the line channels back flagmanager(vis=thevis, mode='restore', versionname='preSelfCal')